Notre récit commence, il y a de cela des siècles. Nicolas et Pernelle Flamel, deux grands alchimistes renommés, étaient morts depuis plusieurs années. Leurs tombes se trouvaient dans une petite bourgade près de Paris, leur famille et leurs amies les pleuraient encore. Pourtant, par-delà la France, on remarque un couple : un vieillard et sa femme, bien vivants, parcourant le monde. Ce, que peu, savent, c'est que les Flamels étaient devenus immortels suite à la découverte de la pierre philosophale. Avec maintenant l'éternité devant eux, ils leur semblaient impossibles de rester, de voir leurs amis et familles mourir, alors que pour eux, le temps s'était arrêté.

C'est sous l'impulsion de Pernelle que le couple commença à voyager. L'Amérique, l'Europe, L'Asie, le couple fit le tour du monde, changeant d'identité d'année en année, découvrant de nouveaux peuples, de nouvelles cultures. Amassant des savoirs aujourd'hui oubliés. Au cours de leurs recherches, Nicolas découvrit une ethnie capable de prouesses inimaginable. Vivant en autarcie, loin de toute société humaine. Car s'ils s'approchaient, le seul sort qui les attendait était celui du bûcher. Les Flamel se joignirent à eux apportant leurs savoirs. Ils purent au fur et à mesure des siècles rencontrer d'autres ethnies, et même d'autres races, qui proposèrent une alliance avec l'immortel. Nicolas découvrit un monde qu'en tant qu'humain, il n'aurait jamais imaginé.

Les créatures de contes et de légendes existaient bien. Vampire, loups-garous, mages élémentaires, fée, etc. Tous ses êtres surnaturels vivaient loin de tout regard depuis des centaines d'années. Mais au 19e siècle, avec une déforestation grandissante, l'essor des industries et le développement des villes, leurs propres habitations étaient en danger : les chamans perdaient le contact avec la nature, certains mages avaient été découverts près de Salem. La présence grandissante des humains les menaçait. Nicolas prit possession d'une archipel à l'ouest de l'Amérique, dans l'océan pacifique. Il y créa un petit village pour accueillir des rescapées. D'autres petits hameaux furent créés au fur et à mesure que les êtres surnaturels quittaient leur foyer. Tandis que d'autre essayaient de se mêler aux humains, incognitos. Finalement, la Première Guerre mondiale éclata. Prunelle devant la cruauté humaine mit fin à ses jours.

Nicolas se trouvant alors veuf se lança dans l'entreprise folle. La création d'une académie pour les jeunes êtres surnaturels. Un moyen d'oublier sa peine, sa douleur, avec l'énergie du désespoir. En 1930, l'académie fut achevée. Elle ouvrit ses portes à tous les êtres "non-humains" de 6 à 19 ans. Et ce fut l'Exode. Les créatures quittèrent en masse le continent pour se réfugier sur l'île et les petits hameaux durent se développer. Presque 100 ans plus tard, les autres îles de l'archipel ont été colonisées par les habitants. De nouvelles villes furent créées, ainsi que des routes, des ponts, des gares, et même quelques aéroports. Nicolas Flamel, simple proviseur d'un établissement scolaire est devenu le fondateur d'une petite nation. L'académie Chrysalis est maintenant la capitale d'un archipel avec plusieurs millions d'habitants ...

Presque trente ans après que le petit village d'origine soit devenu métropole, la politique isolationniste de l'archipel est remise en question par une partie de la population. En effet, comme l'archipel est séparé du monde extérieur, beaucoup de familles ont dû couper toute communication afin de protéger et de garder l'archipel secret. D'après eux, la politique actuelle de l'archipel n'est pas une solution sur le long terme. Après tout, la Terre est peuplée de plusieurs milliards d'habitants et les êtres surnaturels ne représentent qu'un millième de la population totale. Peut-être que c'est utopique, illusoire, mais les humains et les êtres surnaturels ne pourraient-ils pas vivre ensemble en paix, les sang-mêmé en sont bien la preuve physique ! Pour eux, un contact avec les hautes sphères du monde humain devrait être créé, afin d'assurer un avenir à l'île en cas de conflit mondial, ou de catastrophe naturelle.

Malheureusement, leur avis n'est pas unanime, en effet beaucoup de créatures ont souffert de la main des humains et pour eux, l'archipel est un paradis. Elles ont dû quitter leur logis, leurs familles et leurs terres d'origines à cause d'eux. Cela, ils ne l'oublieront jamais, ni ne le pardonneront. Les humains sont des êtres violents capables de guerre, de meurtre. Qui est le vrai monstre dans l'affaire ? Si on exclut les gens attentistes, beaucoup partagent cette idéologie. L'histoire leur à part mainte fois montrée la faiblesse des hommes, avec les meurtres de mages sur le bûcher, ceux de Salem, les religions fielleuses qui rejettent les créatures, car démoniaque, alors qu'elles prient un être lui-même surnaturel. Quelle hypocrisie ! Et les guerres mondiales qui les ont forcé à partir en Exile ?! Et le suicide de la bien-aimée de Nicolas face à la cruauté humaine ? Les humains ont toujours répété les mêmes erreurs. Les créatures ont toujours et seront toujours supérieurs aux humains.

Ainsi, deux factions bien distinctes ont commencé à faire leur apparition ces dernières années. Des manifestations, des élections municipales houleuses. La tension sur l'île est palpable. La dernière décision revient à Nicolas Flamel, qui ne peut que regarder ses amis, ses sujets, s'entre-déchirer. L'archipel devient une poudrière qui est sur le point d'exploser...